Cada vez hay más profesionales hacen uso del ozono médico como complemento terapéutico. La ozonoterapia también se aplica a enfermedades neurológicas relacionadas con el dolor de cabeza, como son: la migraña, la cefalea tensional y la migraña cervical. El origen de algunas de estas cefaleas consiste en dilataciones arteriales o espasmos, tono insuficiente de las venas y exceso de aporte sanguíneo intracraneal e hipoxia, y en otros casos también se ven afectadas por tensiones en los músculos de alrededor. Estos dolores afectan a la calidad de vida de casi el 15% de la población mundial.

La aplicación de ozonoterapia en estas patologías provoca una mejoría de la microcirculación, normalización del tono vascular, y un aumento de aporte del oxígeno a los tejidos cerebrales. Lo que se traduce en una reducción de la frecuencia y de la intensidad de estos dolores de cabeza.

El ozono médico se puede administrar de numerosas formas para estas dolencias y varía según la necesidad de cada una y del paciente. Su aplicación puede ser por vía endovenosa indirecta (OSVEI), insuflaciones rectales y administración subcutánea en los puntos «gatillo» y/o puntos activos de la región cervical.

El médico odontólogo, Francisco Javier Hidalgo, vicepresidente primero de Seot, investigador del grupo de cefaleas de la Junta de Andalucía y experto en terapias del dolor, afirma que "la ventaja de tratar las migrañas y las cefaleas tensionales con ozono sistémico es que se trata un medicamento natural que no es rechazado por el cuerpo y que no tiene límite de dosis en el tiempo, a diferencia de otros medicamentos como los corticoides".

El doctor Hidalgo apunta que la mejor opción para tratar las migrañas y las cefaleas tensionales es un tratamiento multidisciplinar. En las migrañas habría que combinar ozono sistémico, otros medicamentos (si fuesen necesarios), dormir bien, sesiones de fisioterapia para relajar los músculos y una dieta adecuada (generalmente baja en hidratos de carbono).

Ya se han llevado a cabo varios estudios que demuestran la eficacia del ozono médico en estas patologías neurológicas. En 2013 varios doctores, entre los que se encuentran el doctor Bernardino Clavo y el Doctor Norberto Santana-Rodríguez del Hospital Universitario de Gran Canaria Doctor Negrín, publicaron los resultados de un estudio sobre los efectos de la ozonoterapia en cinco pacientes que sufrían cefaleas severas sin ningún tratamiento convencional efectivo. Se administró ozono médico mediante OSVEI. Durante los seis meses posteriores a la administración del tratamiento, los participantes tuvieron menos cefaleas y de menor intensidad que los pacientes sin tratar. Además, ninguno de los participantes precisó de baja médica en su puesto de trabajo después del tratamiento de ozonoterapia; mientras que el año anterior, 3 de los 5 se ausentaron del trabajo por estas dolencias neurológicas.

Son varios los doctores en España que se hacen eco de la eficacia de la ozonoterapia para migrañas. El doctor Hidalgo en una publicación de 2013 recordó el estudio realizado, por un grupo de médicos, sobre la eficacia de la ozonoterapia en patologías como: dolor cervical, vértigo periférico y cefaleas. Participaron 152 pacientes y a la mitad se les insufló ozono médico y a la otra mitad se les administró mesoterapia antiinflamatoria. Los resultados del estudio concluyeron que la ozonoterapia resultó más efectiva que la mesoterapia, ya que un 78% de los pacientes del grupo del ozono calificó esta técnica como "buena u óptima", frente a un 56% del grupo de la mesoterapia antiinflamatoria.