La hipertensión pulmonar arterial se clasifica como idiopática (HPAI o HPI), hereditaria (HPAH) o asociada con otras afecciones (HPAA), tales como enfermedades del tejido conectivo, cardiopatías congénitas, hipertensión portal y exposición a fármacos o toxinas. Cuando la enfermedad se transmite de padres a hijos se clasifica como HPAH. En cuanto a la base genética de la HPA, el principal gen implicado es el receptor de la proteína morfogenética ósea tipo 2 (BMPR2), localizado en el cromosoma 2q33. "Uno de los grandes avances en esta enfermedad", explica el Dr. Adolfo Baloira, neumólogo del Complejo Hospitalario Universitario de Pontevedra y miembro del Área de Circulación Pulmonar de la Sociedad Española de Neumología y Cirugía Torácica (SEPAR), "ha sido el conocimiento de las alteraciones genéticas que tienen influencia en su desarrollo. Hace ya más de 15 años se identificó el gen más importante, el BMPR2, y desde entonces se conocen casi 400 mutaciones de este gen de las cuales, nuestro grupo ha descrito algunas no previamente identificadas".

Las mutaciones en este gen se han identificado en más del 80% de los pacientes con HPAH, aunque sólo el 20% de los portadores eventualmente desarrollan la enfermedad. Es decir, la presencia de mutaciones del gen BMPR2 supone un elevado incremento de riesgo de padecer la HPA pero no implica con seguridad que se vaya a padecer la enfermedad. Por otro lado, la frecuencia de las mutaciones de BMPR2 en  pacientes con HPAI es mucho menor, oscilando entre el 6-40%. Dado que son mutaciones que se heredan de forma autosómica dominante (si un padre la tiene y el hijo la recibe ya puede desarrollar la enfermedad), el estudio genético es una opción a discutir.

Aproximadamente entre el 70 y el 80% de los pacientes con la forma familiar de la enfermedad, es decir, con varios miembros de la misma familia afectos, son portadores de alguna de estas mutaciones. Ahora bien, entre el 15 y el 25% de los que padecen hipertensión pulmonar arterial sin causa conocida ni familiares que la padezcan (las formas denominadas esporádicas) también son portadoras de alguna mutación. Estos datos parecen indicar que un estudio genético podría ayudar a identificar la posibilidad de desarrollar la HPA y diagnosticarla precozmente, pero este es un tema que todavía genera debate por las implicaciones éticas que comporta.