No todos los investigadores se ponen de acuerdo en cuanto al papel que desempeñó Y. pestis en la segunda plaga pandémica que ocurrió entre el siglo XIV y el XVII. Algunos afirman que debe haber sido el resultado de alguna enfermedad vírica. Sin embargo, estudio más recientes acerca de las plagas antiguas demuestran que la mortal enfermedad ya existía cientos de años antes a las estimaciones de los científicos. En este estudio se recuperó y estudió el ADN de 30 víctimas por las plagas de la segunda plaga pandémica.

De los 30 esqueletos analizados, ocho dieron positivo para Y. pestis. Todo el material genético positivo era extremadamente similar a victimas de plagas que se habían estudiado anteriormente en otros países europeos. Es más, presentaban el mismo genotipo de Y. pestis. El autor de este artículo sugiere que además de la presunta reintroducción contínua de Y. pestis en Europa de Asia central durante la segunda pandemia, es posible que la Y. pestis se haya mantenido en Europa a largo plazo y su depósito sigue desconocido.