Primeramente, Iñaki Comas, investigador del Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC) y coordinador del consorcio SeqCOVID, ofrece una perspectiva genómica de la pandemia. "Actualmente tenemos casi 700.000 muestras secuenciadas en diferentes bases de datos, lo que nos da una idea de la escala de la investigación sobre el covid". Esto ha permitido, explica, "un análisis a escala poblacional de la epidemiología del virus, preguntando al genoma del virus cuales han sido los patrones de transmisión y dispersión".

Por tanto, la epidemiología genómica es un campo, ya no solo para el SARS-COV2, sino para cualquier patógeno, "que se desarrolla hace unos cinco años más o menos, cuando empezamos a tener la capacidad de secuenciar miles de muestras de un patógeno a escala poblacional y a unos precios realmente asequibles". Así, agrega, "damos el salto de poder secuenciar solo unas pocas muestras a poder hacerlo a una escala epidemiológica. Además con un marcador de alta resolución y que permite desarrollar diferentes técnicas o analíticas que permiten relacionar las diferentes variaciones o genotipos de este virus y reconstruir de una manera muy razonable patrones de transmisión del virus a muy diferentes escalas. En definitiva, podemos añadirla a las herramientas para el control de la pandemia".

En el caso de España, se puso en marcha un proyecto de epidemiología genómica, el SeqCOVID que representa una sinergia entre el SNS y el de investigación gracias al Fondo Covid del Instituto de Salud Carlos III, y a la participación de más de 40 hospitales de toda España. La idea de esta iniciativa es llegar a secuenciar más de 15.000 muestras del coronavirus, y va por unas 10.000, "de tal manera que podamos a entender cómo llegó a nuestro país y su evolución desde los primeros meses de la pandemia hasta hoy", apunta Comas.

Y para ello, "contamos con la ayuda de la Fundación Fisabio, pero cada vez más hospitales han estado secuenciando de una manera descentralizada, lo que nos acorta muchos lo tiempos de respuesta".

Además, "nos ha permitido ver las variantes de la pandemia a través de las distintas olas, desde que llegó el covid-19 hasta el día de hoy".

Ingeniería de genomas y desarrollo de vacunas

Seguidamente Sonia Zuñiga, del Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC) de Madrid, detalla qué características debe tener una vacuna desde el punto de vista de la ingeniería de genomas para el tipo de coronavirus que nos está afectando ahora.

Como para casi todos los patógenos, señala, "tiene que ser altamente inmunogénica; inducir una inmunidad duradera; ser genética y térmicamente estable, de manera que se pueda vacunar en todas las partes del mundo; y por supuesto, bioseguras".

Estas características a lo que llevan es que en general en los últimos años, y en concreto para el coronavirus, "se haya puesto más énfasis en el desarrollo de algunos tipos de vacunas, como son las vacunas subunidad (que contienen un único componente viral), las vacunas basadas en virus inactivados químicamente, en los cuales no hay replicación viral porque el virus está muerto, y las

basadas en vectores virales, que combinan las ventajas de las vacunas vivas animadas con las de las vacunas subunidad". Asimismo, apunta la científica, este tipo de vacunas tiene determinadas ventajas en su desarrollo, pues es "muy rápido y son estables".

Sin embargo, en el caso concreto del covid-19 tienen limitaciones muy importantes. "Podrían inducir una inmunidad relativamente poco duradera, y esto se debe a que en muchos casos, estas vacunas no inducen una buena inmunidad en mucosas, ni la producción de IgA que sean neutralizantes, de manera que la memoria inmune es menos duradera que en otros casos".

Asimismo, en SARS y MERS se observó que producían efectos secundarios muy graves en los animales inoculados. En primer lugar, "sufrían una patología pulmonar más elevada al inocularlos con estas vacunas, lo que se denomina un aumento a la enfermedad debido a la vacunación". Además, en algunos casos, "estos viales generaban una cantidad muy elevada de anticuerpos que no eran neutralizantes, y que sin embargo contribuían a la infección dependiente por anticuerpos". Estos dos efectos en concreto son tan graves, que en marzo del año pasado se creó un comité especial en la OMS con expertos para vigilarlos específicamente estos dos en todas las vacunas que existen en desarrollo.

De la misma forma, el CNB-CSIC está investigando un nuevo vial. "Desde hace varios años sabemos que podemos generar coronavirus que sean competentes en replicación, pero defectivos en propagación, eliminando una o varias proteínas virales. De modo que, mientras el virus parental se puede diseminar las células vecinas, este virus deficiente en replicación únicamente se amplifica en la célula infectada, pero no disemina a las células vecinas".

Para producir altas cantidades de estos virus, concreta, "necesitamos suministrar la proteína o proteínas eliminadas, pero en el momento en el que se infectan células que no se encuentran en estas proteínas, no hay propagación del virus, lo cual lo hace una estrategia muy segura para el desarrollo de vacunas. La estrategia es similar tanto en la vacuna que estamos desarrollando para el MERS, como para la del SARS-CoV2".

Nuevas vacunas frente a la covid-19

Para concluir, el investigador y director del Instituto de Salud Global y Patógenos Emergentes en la Escuela de Medicina Icahn Mount Sinai de Nueva York, Adolfo García-Sastre, ha defendido los beneficios de la vacuna covid-19 que está desarrollando junto a su equipo, basada en el virus avícola de Newcastle y que según él, "no tiene riesgos para los humanos".

Por una sencilla razón: "las vacunas contra el covid-19 que se están usando tienen una eficacia muy alta y pocos efectos adversos, pero no se sabe cómo de rápidamente se van a poder distribuir". Por ese motivo, expone, han desarrollado una estrategia vacunal basada en el NDV-S o virus de Newcastle, que es mucho más fácil de producir, "ya que para ello se pueden usar las instalaciones que actualmente se dedican a la fabricación de la vacuna de la gripe".

Tiene la certeza de que este vector vacunal induce una protección contra la infección, de modo que han empezado los ensayos de fase 1 en Vietnam, "para ver si verdaderamente es inmunogénica y no da lugar a efectos adversos". Próximamente arrancarán nuevos estudios en otros países, como México, Brasil o Estados Unidos.

Si es así, reflexiona por último, "esperemos poder seguir avanzando para tener más cantidad de este vector vacunal, pues se necesitan muchas dosis para poder vacunar a todo el mundo, sobre todo a los países con menos recursos".